Pacifica a été abandonnée par sa famille, la famille royale, dès sa naissance car, d'après la légende, elle serait la "princesse rejetée" qui détruira le monde à l'aube de ses 16 ans. Protégée par Shannon et Raquelle, sa famille d'adoption, ils fuient lors d'un voyage vers l'inconnu, car nombreux sont les ennemis à vouloir mettre fin à sa vie. Pourtant l'espoir n'est pas loin, et de nouveaux alliés les attendent lors de leur périple.

Le jeune Tôru Kôno sait bien peu ce qui l'attend lorsqu’il est transféré à l’académie Fujimori, une école pour garçons réputée pour être la meilleure de la région. En effet, à peine est-il arrivé qu’il tombe nez à nez… avec une jeune fille à la beauté saisissante qui s’enfuit tout aussitôt. Quelle n’est pas sa surprise lorsqu’il découvre un peu plus tard que la jeune fille est en réalité une "Princesse", un jeune homme choisi parmi les élèves par le conseil des étudiants pour s’habiller en fille et ainsi apporter un peu de fraicheur et de charme aux autres élèves. Bien entendu, en moins de temps qu’il n’en faut pour le dire, Tôru devient la coqueluche de l’école et a l’opportunité de devenir la nouvelle Princesse. Entre sa fierté d’homme et les avantages de la fonction, Tôru a vite fait son choix…

Eikichi Onizuka n'a pas franchement le profile d'un brillant professeur. Il a vingt deux ans et est sorti diplômé d'une petite université japonaise peu côtée, où il s'est plus illustré avec son physique au club de karaté, qu'avec son intellect. Ancien voyou, il apprécie les virées la nuit en moto en bande, il ne supporte aucune autorité et continue à être voleur et satyre. D'ailleurs, en suivant son stage d'enseignant au lycée Musashino, sa première motivation est essentiellement de pouvoir mettre dans son lit de jeunes et jolies lycéennes en jouant les professeurs matûres. Hélas pour lui, la classe dont il s'occupe est composée de loubards et de filles moche, et quand enfin, un joli minois vient lui faire des avances au lycée, c'est pour le piéger et le faire chanter. Acculé, Eikichi pète les plombs et utilise des moyens musclés pour résoudre tous ses problèmes. Du coup, il mate les voyous de sa classe et en fait des élèves studieux. Ses méthodes sont peu orthodoxes mais le stage est une réussite. Après de nombreuses péripéties, il obtient un poste de professeur au collège de Tokyo Kisshô mais sa situation est loin d'être de tout repos. Il est déjà en conflit ouvert avec le sous-directeur Uchiyamada, qui l'a descendu en brèche pendant son entretient et la classe dont il est le professeur principal, est réputée très difficile et a eu raison de ses prédécesseurs.

A Tokyo, en 1994, Setsuna Mûdo est un jeune lycéen amoureux de sa sœur Sara, sentiment partagé. Mais, c'est alors qu'intervient Kourai, une princesse archange qui vient tuer Sara sans laisser d'explication. Setsuna découvre alors qu'il est la réincarnation d'un ange déchu, vaincu durant la Grande Guerre des Anges: Alexiel. Sans en savoir beaucoup plus, il va devoir sauver l'âme de sa bien-aimée. Mais pourquoi tant d'archanges souhaitent la mort d'Alexiel ? Et quel est le rapport avec le jeu mystérieux appelé "Angel Sanctuary", cause de meurtres inexpliqués?

Année 2071. Planète Mars. Alba-City.

Des dizaines de personnes meurent dans

l'explosion d'un camion-citerne,

et d'autres bien plus tard, succomberont à

une mystérieuse maladie.

Le gouvernement croit à une attaque bactériologique et

offre une forte récompense pour la capture

des terroristes.

Toujours à cours d'argent,les chasseurs de

prime du bebop relèvent la mission

et vont tenter de percer le secret de cet odieux attentat.