A Tokyo, en 1994, Setsuna Mûdo est un jeune lycéen amoureux de sa sœur Sara, sentiment partagé. Mais, c'est alors qu'intervient Kourai, une princesse archange qui vient tuer Sara sans laisser d'explication. Setsuna découvre alors qu'il est la réincarnation d'un ange déchu, vaincu durant la Grande Guerre des Anges: Alexiel. Sans en savoir beaucoup plus, il va devoir sauver l'âme de sa bien-aimée. Mais pourquoi tant d'archanges souhaitent la mort d'Alexiel ? Et quel est le rapport avec le jeu mystérieux appelé "Angel Sanctuary", cause de meurtres inexpliqués?