Sora est reveillé en pleine nuit par un garçon allongé sur lui se prénommant Ran et lui faisant des avances : il lui demande de réveiller Yoru qui dort en lui. Le lendemain matin, il découvre que le jeune homme Ran est son nouveau colocataire, mais Ran ne se souvient plus de ce qui s'est passé cette nuit et prétend se nommer Sunao. Sora ne sait alors pas encore son orientation sexuelle. Quelques temps auparavant, Sora était tombé de la fenêtre de sa classe et venait juste de rentrer de l'hôpital. Il ne se rappelle plus de personne auparavant, ni même comment sa chute s'est produite. Lors d'une altercation avec un prof, Sora fait ressortir le "yoru" qui est en lui et se rappelle d'avoir été contraint de se séparer de Ran quand ils étaient plus jeunes, comme un lien puissant qui les unissaient dans le passé. Sunao le ramène inanimé à l'infirmerie, et lui repète qu'il ne s'intéresse pas à lui...

Randy MacLain débarque au 27ième commissariat de New York pour y prendre ses fonctions. Alors qu’il entre dans le bureau du patron pour se présenter, premier jour oblige, il interrompt une séance de passage de savon alors à son apogée. Le flic si vertement rappelé à l’ordre, un certain Dee Latener, essuie le courroux du chef avec une désinvolture pour le moins déconcertante. Soulagé par cette visite qui tombe à pic, ce dernier profite de l’occasion pour s’échapper discrètement de la pièce. Il est coupé dans son élan par un commissaire toujours à cran qui lui annonce que cet intrus, son sauveur: Randy en l’occurrence, est le « nouveau » avec qui il va devoir faire équipe. Dee ne fait pas de cérémonie et adopte très facilement son collègue. Ayant rapidement dénoté en lui des origines orientales, il lui demande du tac au tac quel est son nom japonais. Il ne l’appellera plus désormais que par "Ryo", un habile moyen pour briser la glace.

Haruhi Fujioka est une jeune fille de classe moyenne dont les résultats scolaire lui permettent d'avoir une bourse à un lycée privé de haut calibre, le lycée Ouran. Un jour, en cherchant un endroit calme enfin d'étudier en paix, Haruhi entre dans la salle de musique N°3. Cette salle appartient au "club d'hôtes" du lycée, c'est-à-dire à un groupe de six garçons dont l'activité principale est de vendre leur beauté et faire vivre un rêve à des étudiantes riches et oisives. En tentant de s'échapper, Haruhi brise un vase d'une valeur de 8 millions de yens. Ne pouvant rembourser une telle somme d'argent, Haruhi devra entrer puis faire parti du club en se faisant passer pour un garçon.

Lorsqu'un individu décède, son âme s'envole vers le Meifu, Terre des défunts. Là-bas son nom est inscrit sur le grand registre des personnes décédées, et celui vient grossir le rang des occupants du Meifu. La vie d'un être humain est représentée par la flamme d'une des nombreuses chandelles du "Castle of Candles" habité par le Comte. Celui-ci a pour tâche d'éteindre les bougies lorsque le moment est arrivé. Le Comte est la figure emblématique de la mort proprement dite. Afin de veiller au bon déroulement de ce processus, existe l'organisation du JuOhCho. C'est une administration tout ce qu'il y a de plus banale qui s'occupe de la paperasserie des morts et qui veille à ce que tout soit régler en temps et en heure entre notre monde et celui de l'au-delà. Cependant, il arrive que l'âme d'un défunt n'arrive pas à bon port ou que la mort de celui-ci impliquerait des phénomènes paranormaux hors de la compréhension de nous pauvres mortels. C'est sur ce plan crucial que le JuOhCho intervient. Le Japon est divisé en dix provinces administratives dénommées Cho, pour une meilleure gestion des événements. A chaque Cho sont assignés un ou plusieurs employés du JuOhCho, les Shiningami (ange de la mort). Ceux sont des êtres humains ayant perdu la vie dans des circonstances étranges, et dont l'âme ne pouvant plus trouver repos, les forcèrent à revenir dans le monde des vivants, condamnés à l'immortalité. Chaque shinigami est un être doué de pouvoirs exceptionnels qui lui sont propres, en plus de leur capacité de voyager librement notre monde et le Meifu. Tsuzuki Asato est un employé du JuOhCho, sous les ordres du chef Konoe. Celui-ci, sous ses airs débonnaires de jeune homme insouciant, est en réalité, l'un des Shiningami les plus puissants de l'organisation. La série narre alors les enquêtes auxquelles, il est assigné (souvent de force plus que de grès, comme tout bon employé doit mériter son salaire...).

Michiru est une jeune fille ordinaire, plutôt maladroite et souffre-douleur de ses "amies". Sa vie change le jour où elle bouscule par inadvertance deux de ses camarades de classe, Akatsuki Chika et Tachibana Shito. Ces deux jeunes gens plutôt mystérieux sont en effet les seuls rescapés d'un accident de la route très important arrivé l'année passée. Michiru se retrouve plongée dans une histoire qui la dépasse. Pourquoi les deux garçons portent-ils cette étrange marque sombre autour du cou ? Pourquoi échangent-ils régulièrement leurs mains ?!