Haruhi Fujioka est une jeune fille de classe moyenne dont les résultats scolaire lui permettent d'avoir une bourse à un lycée privé de haut calibre, le lycée Ouran. Un jour, en cherchant un endroit calme enfin d'étudier en paix, Haruhi entre dans la salle de musique N°3. Cette salle appartient au "club d'hôtes" du lycée, c'est-à-dire à un groupe de six garçons dont l'activité principale est de vendre leur beauté et faire vivre un rêve à des étudiantes riches et oisives. En tentant de s'échapper, Haruhi brise un vase d'une valeur de 8 millions de yens. Ne pouvant rembourser une telle somme d'argent, Haruhi devra entrer puis faire parti du club en se faisant passer pour un garçon.

Lorsqu'un individu décède, son âme s'envole vers le Meifu, Terre des défunts. Là-bas son nom est inscrit sur le grand registre des personnes décédées, et celui vient grossir le rang des occupants du Meifu. La vie d'un être humain est représentée par la flamme d'une des nombreuses chandelles du "Castle of Candles" habité par le Comte. Celui-ci a pour tâche d'éteindre les bougies lorsque le moment est arrivé. Le Comte est la figure emblématique de la mort proprement dite. Afin de veiller au bon déroulement de ce processus, existe l'organisation du JuOhCho. C'est une administration tout ce qu'il y a de plus banale qui s'occupe de la paperasserie des morts et qui veille à ce que tout soit régler en temps et en heure entre notre monde et celui de l'au-delà. Cependant, il arrive que l'âme d'un défunt n'arrive pas à bon port ou que la mort de celui-ci impliquerait des phénomènes paranormaux hors de la compréhension de nous pauvres mortels. C'est sur ce plan crucial que le JuOhCho intervient. Le Japon est divisé en dix provinces administratives dénommées Cho, pour une meilleure gestion des événements. A chaque Cho sont assignés un ou plusieurs employés du JuOhCho, les Shiningami (ange de la mort). Ceux sont des êtres humains ayant perdu la vie dans des circonstances étranges, et dont l'âme ne pouvant plus trouver repos, les forcèrent à revenir dans le monde des vivants, condamnés à l'immortalité. Chaque shinigami est un être doué de pouvoirs exceptionnels qui lui sont propres, en plus de leur capacité de voyager librement notre monde et le Meifu. Tsuzuki Asato est un employé du JuOhCho, sous les ordres du chef Konoe. Celui-ci, sous ses airs débonnaires de jeune homme insouciant, est en réalité, l'un des Shiningami les plus puissants de l'organisation. La série narre alors les enquêtes auxquelles, il est assigné (souvent de force plus que de grès, comme tout bon employé doit mériter son salaire...).

Michiru est une jeune fille ordinaire, plutôt maladroite et souffre-douleur de ses "amies". Sa vie change le jour où elle bouscule par inadvertance deux de ses camarades de classe, Akatsuki Chika et Tachibana Shito. Ces deux jeunes gens plutôt mystérieux sont en effet les seuls rescapés d'un accident de la route très important arrivé l'année passée. Michiru se retrouve plongée dans une histoire qui la dépasse. Pourquoi les deux garçons portent-ils cette étrange marque sombre autour du cou ? Pourquoi échangent-ils régulièrement leurs mains ?!

Pacifica a été abandonnée par sa famille, la famille royale, dès sa naissance car, d'après la légende, elle serait la "princesse rejetée" qui détruira le monde à l'aube de ses 16 ans. Protégée par Shannon et Raquelle, sa famille d'adoption, ils fuient lors d'un voyage vers l'inconnu, car nombreux sont les ennemis à vouloir mettre fin à sa vie. Pourtant l'espoir n'est pas loin, et de nouveaux alliés les attendent lors de leur périple.

Le jeune Tôru Kôno sait bien peu ce qui l'attend lorsqu’il est transféré à l’académie Fujimori, une école pour garçons réputée pour être la meilleure de la région. En effet, à peine est-il arrivé qu’il tombe nez à nez… avec une jeune fille à la beauté saisissante qui s’enfuit tout aussitôt. Quelle n’est pas sa surprise lorsqu’il découvre un peu plus tard que la jeune fille est en réalité une "Princesse", un jeune homme choisi parmi les élèves par le conseil des étudiants pour s’habiller en fille et ainsi apporter un peu de fraicheur et de charme aux autres élèves. Bien entendu, en moins de temps qu’il n’en faut pour le dire, Tôru devient la coqueluche de l’école et a l’opportunité de devenir la nouvelle Princesse. Entre sa fierté d’homme et les avantages de la fonction, Tôru a vite fait son choix…