Le royaume de Forland est attaqué par des rebelles. L'héritière du trône, la princesse Arita, s'enfuit de son palais.Dans sa fuite, elle heurte une tueuse à gages nommée Pharis, ce qui a pour conséquence un échange d'âmes. Pharis, prisonnière du corps d'Arita, s'engage alors à protéger le royaume de Forland, avec l'aide de ses amis Pete et Dominikov, de tous ceux qui convoitent le royaume et le pouvoir de Téoria qui y dort. C' est ainsi qu'elle devient “Murder Princess”, la princesse la plus dangereuse de toute l'histoire.

Victime d'un grave accident dans son enfance, Shiki a hérité d'un pouvoir aussi mystérieux qu'effrayant : il peut discerner les lignes vitales qui traversent chaque objet ou être vivant. En découpant ces lignes, il peut tuer et détruire avec une facilité déconcertante : sa lame s'enfonce comme dans du beurre dans le plus solide des matériaux. Malheureusement, ce pouvoir fait aussi monter en lui d'irrésistibles pulsions meurtrières...

L’histoire prend place dans une petite ville de la campagne japonaise : Enohana. Nous y découvrons la vie rudimentaire d’une jeune étudiante, Mayuko, pauvre et réservée, qui doit travailler très dur pour se payer à manger et continuer ses études en ville. Pour rajouter à ses infortunes, une alien de seconde zone, une “under”, squatte le placard de sa chambre et lui chaparde ses dernières ressources alimentaires. Cette jeune extraterrestre c’est NieA, une “sans-antenne” répudié même par ses propres compatriotes. Son passe-temps ? Récupérer des déchets pour construire des OVNI. Malgré toutes ces exubérances, Mayuko se préoccupe d’elle, mais les actions fantasques de NieA la mèneront dans des situations plutôt cocasses… Comble de malchance, les bains publiques de la petite bourgade, où est hébergée Mayuko, sont au bord de la faillite.

Yukio, appelé Koyuki par ses amis, est un garçon japonais de 14 ans comme les autres. Sa vie monotome est métamorphosée le jour où il sauve un chien à l'allure étrange. Le propriétaire du chien (qui s'appelle Beck), Minami Ryusuke, s'avère être guitariste dans un groupe de rock amateur. Les deux garçons deviennent amis, et leur aventure musicale commence.

Dans un futur proche, Saiga est un photographe spécial qui prend des clichés peu singuliers dans cette époque où les classes dirigeantes et le peuple sont complétement séparés. La guerre, le pouvoir, la débauche, sont quelques uns des sujets qu'aime immortaliser Saiga dans ses photos. Mais, il va être amené à se charger d'infiltrer un club privé, nommé le "Roppongi Club" où se trouve toutes les personnalités importantes. Il va alors découvrir une société secrète... A cela vient s'ajouter la "facteur euphoria", une drogue particulière qui provoque une forme de bonheur au grand danger....