Un jeune garçon de 15 ans, Shirô Kamui, décide d'accomplir les dernières volontés de sa mère en retournant à Tôkyô, qu'il avait quitté six ans auparavant. Sa destinée l'y attend de pied ferme, paraît-il. À peine est-il arrivé qu'il devient la proie de mystérieux agresseurs qui semblent convoiter ses formidables pouvoirs. Le retour de Kamui dans la capitale nippone est une véritable introspection, un voyage à l'intérieur d'un passé enfoui au plus profond d'un cœur qui semble avoir cessé de battre au rythme des émotions. C'est surtout la découverte d'une terrible destinée... Le mystérieux pouvoir dont dispose Kamui lui a été confié afin de déterminer le sort de la Terre, le «jour de la promesse» en 1999. Deux camps opposés se présentent à lui, deux visions différentes de la planète et de son avenir. Kamui pourrait devenir un « Dragon du Ciel » et préserver l'humanité sur Terre, ou bien un « Dragon de la Terre » dont la destinée est de détruire l'humanité afin de sauver les miettes d'une planète rongée par la cupidité des hommes. Kamui est-il le Messie tant attendu ?